В университете в 2011 году создан центр университетов ШОС, который укрепляет взаимное доверие и добрососедские отношения между странами-участниками (ШОС) и содействует эффективному сотрудничеству в политической, торгово-экономической, научно-технической и культурной областях. По согласованной программе по экологии и природопользованию в рамках избранного направления наш университет сотрудничает с Сибирским Федеральным Университетом (г. Красноярск, РФ), Российским Университетом Дружбы Народов (РУДН, г. Москва), Южно-Уральским государственным университетом (г.Челябинск, РФ), Казахским национальным университетом имени Аль-Фараби (г. Алматы, Казахстан), Ланьчжоуском университетом (Китай) и другим партнерами университетами УШОС. Наш университет – базовый вуз Университетов Шанхайской организации сотрудничества (УШОС) в Кыргызстане по направлению «Экология». За время сотрудничества КНАУ (2010-2017гг.) в рамках УШОС прошли обучение в магистратуре 32 выпускника университета по направлению «Экология». Кыргызский национальный аграрный университет имени К.И.Скрябина согласовал соглашения о реализации магистерских программ в рамках УШОС с Алтайским Государственным аграрным университетом по направлениям «Экономика», «IT-технологии» и «Экология» на 2017-2018 годы.