Спортивные работы в университете начались еще в 1934 году, в те годы в университете открылась военная кафедра, которая позже была преобразована на кафедру физической культуры и спорта. Более 85-лет существования университета кафедра добилась больших спортивных результатов. В сегодняшний день в университете имеются современные спортивные объекты: стадион; спортивный зал; борцовский зал; открытые игровые площадки; площадки для ордо; зал бокса; теннисный зал; тренажёрные залы фитнеса. Студенты университета участвуют во всех соревнованиях в Республике и за рубежом, принимают самое активное участие в Универсиаде ВУЗов КР и занимают почетные призовые места. В настоящее время в составе сборной команды университета тренируются более 200 студентов-спортсменов различной квалификации, из них:10 мастеров спорта. Сборная команда КНАУ в универсиаде среди Вузов принимает участие на первой лиге. Гордостью университета являются призеры чемпионата мира, участники всемирной универсиады, чемпионы Азии, многократные чемпионы КР, чемпионы Евразии, чемпионы среди Вузов КР - по различным видам спорта. Ежегодно в КНАУ проводятся внутри вузовские мероприятия: проводит соревнования среди первокурсников, среди факультетов которого молодежь может соревноваться по 6 видам спорта. Отдельно проводится спартакиада колледжа КНАУ. Активны в спорте не только студенты, но и профессора: традиционно ежегодно в университете проводится спартакиада профессорско-преподавательского состава «Здоровье». В последние годы студенческое спортивное движение стало гораздо более активным — и это во многом результат регулярных университетских мероприятий по воспитанию культуры здорового образа жизни. Руководство университета активно поддерживает развитие спорта и физической культуры в КНАУ. Для спортсменов предложены поощрения в виде стипендий и премий.