Физкультурно-спортивная деятельность в университете началась еще в 1934 году. В эти годы в университете была открыта военная кафедра, которая позже была преобразована на кафедру физической культуры и спорта. Более 85-лет существования университета кафедра добилась больших спортивных результатов. На сегодняшний день в университете современные спортивные объекты: стадион, спортивный зал, борцовский зал, отрытые игровые площадки волейбола и мини-футбола, площадки для «Ордо», зал для бокса, теннисный зал, тренажерные залы фитнеса. Студенты университета участвуют во всех соревнованиях Республики и за рубежом, принимают самое активное участие в Универсиаде ВУЗов КР и занимают почетные призовые места. В настоящее время в составе сборной команды университета тренируются более 200 студентов-спортсменов различной квалификации. Среди них 10 мастеров спорта. Сборная команда КНАУ в универсиаде среди ВУЗов принимает участие на первой лиге. Гордостью университета являются призеры чемпионата мира, участники всемирной универсиады, чемпионы Азии, многократные чемпионы КР, чемпионы Евразии, чемпионы среди ВУЗов КР - по различным видам спорта. Ежегодно в КНАУ проводятся внутривузовские мероприятия по 6 видам спорта: соревнования среди первокурсников, а также соревнования между факультетами. После подведения итогов, победители награждаются грамотой и ценными призами. Отдельно проводится спартакиада колледжа КНАУ. В спорте активны не только студенты, но и преподаватели: традиционно каждый год проводится в университете спартакиада «Ден-соолук» среди профессорско-преподавательского состава. Благодаря регулярным мероприятиям по воспитанию физической культуры и здорового образа жизни, в последние годы студенческое спортивное движение стало гораздо более активным. Руководство университета активно поддерживает развитие спорта и физической культуры в КНАУ. Для спортсменов предложены поощрения в виде стипендий и премий.